目前这个时代，无论是生存在郊区的人，还是艰难生活于后巷的人 ，甚至是在“巢”中享受的人，都患上了一种“都市病”。
虽然以现在的科技，只要付得起钱，什么肉体上的疾病都能治愈。但是都市病是一种精神上的疾病，会在潜意识中引导人走向死亡，且一直没有被发现。
第一个发现这种疾病的人，名叫Carmen。她提出了一种“灵魂疗法”的方案，试图以此治愈人们。
性格开朗，为人善良的她吸引了一批追随者：Elijah，Gabriel，Michelle，Giovanni，Kali，Daniel，Benjamin和Ayin。
因为这样的研究肯定会遭到“首脑”的限制，所以他们在郊区建立了研究所，以Ayin为主的一行天才对灵魂这一概念进行研究，而Kali则作为武力力量保护研究所，很快研究就有了结果。
Carmen的理论中，在世界的底部有一条永不停歇的河流，这是所有精神的具象化。虽然人们都不知道，但所有人的潜意识都和这条河流所连接。
并且从精神中提取了少量的这河中之水，并且给它起名为Cogito。Cogito是精神的具象化，是液态的生命和死亡。
Carmen相信，如果要治愈灵魂，那就需要同样拥有灵魂概念的东西才有可能成功，那么Cogito或许就是所需要的东西。
随着对Cogito的研究，大家发现了获取Cogito的方法。需要一个最合适的人作为“水桶”，然后便能获取“河流”中的Cogito。
但是根据生物检测，Carmen自己，就是最适合做“水桶”的人。但是Carmen是整个研究的领头人，而这样的实验又过于危险。
在大家一筹莫展时，Enoch申请做实验。Lisa和Enoch是在“郊区”发现的孩子，他们虽然不是亲兄妹，但感情很好。最终，大家艰难地批准了他的请求。
悲剧发生了，Enoch停止了呼吸，所有人的情绪陷入了低谷。研究所死一般的沉寂下，只剩下Lisa哭骂声，当她对着Carmen无心诅咒到“你快去死啊”时，Carmen回答道“我也希望啊......”。虽然实验非常失败，但大家仍然相信Carmen会率领大家重新走上正轨的。
那一天，Carmen找到Ayin，像Ayin讲述自己的治愈计划，虽然很荒谬，但是逻辑上是正确的。此时的Ayin未及时发现Carmen的异样，也没有意识到这一次，不是讨论而是托付。他也从未想过像Carmen这样乐观、善良的人会做出那种事情。
Carmen自杀了，被所有人的信任压垮了，她带着沉重的期望沉入那个紧锁的房门后的浴缸里。
Ayin接管了研究所，一种深深的自责和痛苦令本就冷静的他，变得更加冷漠。同时也有一种使命感浮现出来，因为他知道只有他可以完成Carmen的计划。
于是他把Carmen仍未死亡的大脑成功地做成了“水桶”，于是拥有了无穷无尽的Cogito。
但同时，也发现了一种与灵魂拥有相似概念，不知何时存在，也不知如何消灭的生物——起名为异想体。
研究所收容了这些异想体，同时对Cogito和异想体进行研究。对异想体的一方面研究，大家发现能够将从异想体身上获取的物质制作成武器，起名为E.G.O(Extermination of Geometrical Organ)。
并且制作了第一把E.G.O——原型的拟态刀，后由Kali使用。后来Kali也觉醒了自己的E.G.O——血雾弥漫，并且通过保护研究所而得到的种种战果赢得了“殷红血雾”这一色彩级收尾人的的荣誉（同时也是色彩级收尾人的顶点）
E.G.O非常强大，但使用E.G.O来对付异想体并不是只有E.G.O才能够对付异想体。而是使用E.G.O很容易，甚至不需要训练，拿起的一瞬间就明白如何使用，即便不能发挥出其全部力量，也减去了大量的训练成本。
而对Cogito的研究，一开始由于Cogito仍处于实验阶段，不能进行活体实验，所以苦于没有数据，没有明显进展。而这时，Elijah因为迫切地想要加入实验中，于是私自地注射了Cogito。
厄运接踵而至，Elijah的指甲和牙齿开始脱落，皮肤开始溃烂。虽然痛失一名好友，但是实验却因此获得了继续下去的关键数据。
目睹了这件事情的Gabriel收到了极大是打击，他为了让自己好受些将Elijah的惨剧归结为不守规矩。于是他严格制定了一系列规则，病态地认为只要守规矩，就不会再有牺牲。Elijah的惨剧一开始令他逐渐地不敢暴露自己的皮肤，并谎称是害怕化学试剂伤害自己的皮肤。后来他开始无休止地抓挠自己的皮肤，所有人强迫他进行检查，但实际上他的皮肤什么事都没有，那就意味着他是心理上的问题，也就没有人能够帮助他，最终他崩溃得不成人样，在发狂中死去。
实验仍然要继续，仍然需要大量的人体实验数据，研究需要自愿者。Giovanni站了出来，实际上，Giovanni是Carmen的病人并且从小就认识Carmen,他说他之所以愿意进行实验不是为了Ayin，而是为了Carmen,他认为如此一个关于灵魂的实验，肯定可以复活Carmen的。Ayin没有给予他肯定或是否定的回答，而是一次又一次地注射Cogito，最终在无尽的实验中，Giovanni也离去了。
Michelle是研究所年龄最小的员工。即便很聪明，Ayin当时也是反对她加入研究的，毕竟年龄太小，可是Carmen一直在为Michelle说好话，也就让她成为研究所的一员。
再身边的人一个又一个地离去后，Michelle幼小的心灵再也承受不了了，她向“首脑”报告，并且逃出了研究所，希望能够停止这些疯狂的实验。
研究所的大家还没有意识到Michelle的离去，“首脑”就已经到来了。“首脑”之一“世界的调律者”Garion带着两名爪牙来到研究所，使用“妖灵”轻松打开了研究所的大门，作为管理异想体的Daniel率先遇见了调律者，他被威逼打开所有异想体的大门。在“首脑”和“妖灵”面前，他不得不照做。
一时间，研究所变成了充斥着怪物的地狱，Daniel在打通最后一次内部电话后也含恨死去。
Kali作为研究所的守护者看到自己守护的东西化为乌有，愤怒使Kali向“首脑”和异想体发动了疯狂的攻击。最终以一只眼睛和一只手臂的代价击败了所有异想体，并且斩杀了两名爪牙。
即便做到这样级别的战斗，调律者仍然没有把Kali放在眼里，但她根本不知道E.G.O的力量。盲目的轻敌让她付出了血的代价，Kali竭力击杀了调律者。
完全崩溃的研究所需要一个出路，Ayin需要知道“首脑”的情报。或许因为调律者对自己强大的自信使其并没有为自己的大脑上锁。在挖开调律者的大脑后Ayin知道了大量的情报，包括成为“世界之翼”的办法。
Benjamin极力反对Ayin想要成为“翼”的计划，因为他认为成为“翼”只会结下恶果。但Ayin坚持要成为“翼”。Benjamin非常尊敬Ayin，于是他不再争论，离开了研究所。
Ayin独自研究能够成为“翼”，并且能够完成Carmen的梦想的奇点技术。最终拟订了光之种计划的雏形，而就在研究有所进展之时，Ayin看见了报纸上的信息——Michelle因为没有料到自己的泄密会导致如此悲惨的结果而自杀了。Ayin没有愤恨，只是把报纸揉烂，因为他自己也不知道，自己有没有憎恨她的理由和资格。
与此同时，离开了研究所的Benjamin没有如表面上地离开Ayin，而是在背地里发动了Smoke War（烟霾战争），成功地折断了一片“翼”，为Ayin成为新的“翼”铺好了路。
Ayin如愿成立了脑叶公司，偌大的公司里只剩下他一人，他与同伴的回忆被定格在了相片中，他认为他需要机器来协助自己，一个完美的AI。
这时Benjamin回来了，协助Ayin完成了了这一AI，Ayin为这个AI的设计倾尽了心血，并且为她注入了Carmen的记忆。
虽然最终完成了，但是，这个AI根本不像Carmen，Ayin甚至不愿意面对她，在Benjamin的说辞下才勉强为她起了个名字——Angela。
但是Angela醒来后对Ayin说的第一句话是“Ayin，我记得你曾经是个拥有温暖笑容的人”，而这让Ayin曾经的记忆涌现出来，使他崩溃，以至于此后再也不面对Angela，仅仅是单方面的输入剧本，对话也仅仅只有Ayin冷酷无情的“机器，就该像机器一样运转......”
随后Benjamin认为自己已经没有可以再帮助Ayin的了后，再次离开了脑叶公司。光之种计划正式开始。
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